工藤新一（小栗旬）这晚收到挑战书，称将有他的同学在修学游览的船上被绑架，若新一不能保护好同学，须让出“高中生名侦察”的称号。新一本对修学游览没兴趣，这封信令他次日赶到学校与小兰（黒川智花）、园子（岩佐真悠子）及班里别的约30名同学会集。 
世人刚登上游览用船，新一即把目光投向代理班主任北岛慎吾（ふかわりょう）、导游西田麻衣（水川あさみ）、船长东邦夫（松重丰）及船员南田恭介（西村和彦）等人，时刻保持着警觉。但园子仍神不知鬼不觉失踪。着手调查尚无条理，他再接绑架预告电话。